Mặc dù Trần Bá Tông đã trở thành hoàng đế, song quyền lực trên thực tế bị phân chia giữa Trần Húc, Đáo Trọng Cử và Lưu Sư Chi, và cả ba người đều vào ở trong cung, xử lý các vấn đề hệ trọng. Lưu Sư Chi lo sợ vị thế hoàng thúc của Trần Húc nên ngay sau đó đã lập mưu loại trừ Trần Húc. Lưu Sư Chi lệnh cho Ân Bất Nịnh (殷不佞) báo với Trần Húc rằng ông nên rời cung để xử lý các vấn đề của Dương châu (揚州)- châu bao gồm kinh thành mà Trần Húc làm thứ sử. Khi Trần Húc định làm vậy, Mao Hỉ (毛喜) và Ngô Minh Triệt (吳明徹) đã thuyết phục ông nên ở lại trong cung. Do đó, Trần Húc đã mời Lưu Sư Tri đến một cuộc hội họp. Trong khi cuộc họp vẫn đang tiến hành, Trần Húc đã lệnh cho Mao Hỉ đi chứng thực rằng Thẩm thái hậu và Trần Bá Tông không lệnh bắt Trần Húc phải rời cung. Khi Mao Hỉ chứng thực được chuyện này, Trần Húc đã bắt Lưu Sư Tri và buộc người này phải tự sát, trong khi biếm chức Đáo Trọng Cử. Từ thời điểm này trở đi, triều đình do Trần Húc kiểm soát.

Lo sợ trước những gì sẽ xảy ra sau đó, Đáo Trọng Cử và tướng Hàn Tử Cao (韓子高) đã nghĩ đến việc có hành động chống lại Trần Húc, song trước khi họ có thể tiến hành bất cứ hành động nào, Trần Húc đã được báo tin về âm mưu, và ông cho bắt giữ họ và sau đó buộc Trần Bá Tông phải ban thánh chỉ lệnh cho họ phải tự sát. Em trai Trần Bá Tông- Thủy Hưng vương Trần Bá Mậu- là người mà Trần Húc cho là đã tham dự vào cả hai âm mưu của Lưu Sư Tri và của Đáo Trọng Cử, cũng bị bãi các chức vụ trong triều.

Cái chết của Lưu Sư Tri và Hàn Tử Cao- cả hai đều là thân tín của Trần Thiến- đã khiến Hoa Kiểu (華皎) thứ sử của Tương châu (湘州, nay là trung bộ Hồ Nam) lo sợ. Đến hè năm 567, Hoa Kiểu đã hàng Bắc Chu và chư hầu Tây Lương của Bắc Chu. Trần Húc đã phái Ngô Minh Triệt và Thuần Vu Lượng (淳于量) suất một hạm đội đi đánh liên quân Hoa Kiểu-Bắc Chu-Tây Lương. Hai bên trạm chán tại Độn Khẩu (沌口, nay thuộc Vũ Hán, Hồ Bắc). Ngô Minh Triệt và Thuần Vu Lượng đã có thể đâm chìm hạm đội của Hoa Kiểu, Bắc Chu và Tây Lương, khiến liên quân sụp đổ. Hoa Kiểu và tướng Vũ Văn Trực (宇文直) của Bắc Chu chạy đến đô thành Giang Lăng (江陵, nay thuộc Kinh Châu, Hồ Bắc) của Tây Lương, trong khi tướng Nguyên Định (元定) của Bắc Chu thì bị bắt. Ngô Minh Triệt sau đó đã tiến hành vây hãm Giang Lăng vào xuân năm 568, song đã không thể chiếm được thành và đã buộc phải triệt thoái.

Trong khi đó, Trần Húc nhận được các tước hiệu và chức vụ cao hơn. Vào đông năm 568, Trần Húc đã ban một chiếu chỉ nhân danh Chương thái hoàng thái hậu, vu cáo Trần Bá Tông là một phần trong âm mưu của Lưu Sư Tri và Hoa Kiểu. Chiếu chỉ còn nói rằng Văn Đế đã biết Trần Bá Tông bất tài, và rằng ý nguyện trao hoàng vị cho Trần Húc của Văn Đế phải được thực hiện. Trần Bá Tông bị phế truất và bị giáng làm Lâm Hải vương, trong khi Trần Bá Mậu bị giáng làm Ôn Ma hầu và sau đó bị ám sát.